В 1989 году Борис Абрамович Березовский организовал вместе с Саматом Жабоевым АО "ЛогоВаз" , которое за четыре года выдвинулось на одно из первых мест в частном бизнесе России - к 1993 году оборот АО превысил 250 миллионов долларов.
В ноябре 1993 года, по информации влиятельной англоязычной израильской газеты "Jerusalem post", Борис Березовский, его супруга Галина Алексеевна и их дети Артем и Анастасия получили гражданство Израиля.
30 мая 1994 года Березовский возглавил созданный им Автомобильный всероссийский альянс. В качестве главы Березовский стал известен как инициатор реализации масштабного проекта отечественного "народного автомобиля".
31 мая 1994 г. АО "ЛогоВаз" было преобразовано в компанию холдингового типа, Березовский стал председателем Совета директоров.
В июле 1994 г. на Бориса Березовского было совершено покушение (погиб его шофер).
В январе 1995 года участвовал в создании Общественного Российского Телевидения и вошел в совет директоров ОРТ.
26 сентября 1996 г. на общем собрании Сибирской нефтяной компании избран членом совета ее директоров.
С сентября 1996 г. - член (по согласованию) организационного Комитета по подготовке Санкт-Петербурга к конкурсу городов на право проведения Олимпийских игр в 2004 году.
16 октября 1996 г. секретарь Совета безопасности Александр Лебедь обвинил Бориса Березовского и президента группы "Мост" Владимира Гусинского в том, что они составляли списки, в которых значилось "кого убрать".
18 марта 1997 г. на собрании акционеров АО "ЛогоВАЗ" освобожден от должности председателя совета директоров.
5 ноября 1997 г. президент Борис Ельцин подписал указ об отставке Березовского с должности заместителя секретаря Совета безопасности "в связи с переходом на другую работу". Никакой информации о новом месте работы Березовского в документе не содержалось.
После своего отстранения от должности с апреля 1998 по апрель 1999 года занимал должность исполнительного секретаря СНГ.
В декабре 1999 года избран депутатом Государственной Думы ФС РФ третьего созыва от Карачаево-Черкесского одномандатного избирательного округа №15. В июле 2000 года сложил с себя депутатские полномочия.
В 2000 году фактически отправился в эмиграцию, проживал в США и Великобритании.
В декабре 2001 года, не возвращаясь в Россию, создал и возглавил движение "Либеральная Россия". Сопредседателями движения стали депутаты Госдумы Виктор Похмелкин и Сергей Юшенков. В октябре 2002 года руководство "Либеральной России" приняло решение об исключении Бориса Березовского из партийных рядов. Через месяц в Санкт-Петербурге был созван внеочередной съезд "Либеральной России", на котором руководители региональных отделений восстановили Березовского в партии и объявили об отстранении Юшенкова и Похмелкина с постов сопредседателей. Последние, в свою очередь, назвали проведенный съезд и его решения нелегитимными. Эту позицию поддержало Министерство юстиции РФ, сославшись на закон "О политических партиях" и устав "Либеральной России".
Осенью 2002 года Генпрокуратура обвинила Березовского и его партнеров (Юлия Дубова, Бадри Патаркацишвили) в хищениях на АвтоВАЗе. Суд выдал санкцию на арест Березовского, на основании чего в Великобританию была направлена просьба о его экстрадиции (очередные слушания по этому делу назначены в магистратском суде Лондона на 6 октября 2003 года).
В августе 2003 года объявил о своем намерении вновь баллотироваться в Государственную Думу ФС РФ на предстоящих в декабре выборах.
В январе 2004 года Министерство внутренних дел Великобритании подтвердило, что Борис Березовский официально сменил имя и получил новые документы на имя Платона Еленина. Сам Березовский в интервью BBC заявил, что взял себе имя героя фильма "Олигарх", а фамилию образовал от имени жены Елены.