29 декабря 2006 года Управление Федеральной регистрационной службы по Тюменской области, Ханты-Мансийскому и Ямало-ненецкому автономным округам отказало в регистрации "Радужному дому". По мнению Росрегистрации, деятельность организации "влечет пропаганду нетрадиционной сексуальной ориентации", что может "повлечь подрыв безопасности российского общества и государства", "возбудить социальную, религиозную ненависть и вражду, что также является признаком экстремистского характера деятельности". Также чиновники ФРС отметили, что деятельность "Радужного дома" подрывает духовные ценности и безопасность России и ведет к сокращению населения.
18 апреля этого года ФРС России согласилась с решением региональных коллег, сославшись на экспертизу устава "Радужного дома", проведенную Тюменским юридическим институтом МВД. Согласно этому документу, устав содержит "признаки экстремистского характера".
