В ходе проведенного обыска у Ходорковского были обнаружены и изъяты два приказа Минюста и утвержденные этими приказами инструкции, которые касаются прав осужденных в исправительных колониях. По данным пресс-центра Ходорковского, эти документы официально поступили экс-главе "ЮКОСа" по почте и были вручены ему под роспись сотрудником колонии незадолго до проведения обыска.
Еще одним основанием для помещения Ходорковского в штрафной изолятор стало взыскание в виде выговора "за оставление рабочего места", наложенное на него в середине декабря. Ранее сообщалось, что Ходорковский, у которого сломался швейный станок, пошел искать слесаря-наладчика. Адвокаты Ходорковского обжаловали это взыскание в суде Краснокаменска.
Между тем, адвокат экс-главы "ЮКОСа" Юрий Шмидт считает, что причиной помещения его подзащитного в ШИЗО послужила попытка Ходорковского отстоять свои законные права – в частности, обжалование несправедливо наложенного взыскания и обращения с жалобами в Замоскворецкий районный суд Москвы и Верховный суд России.
В мае 2005 года Мещанский суд Москвы признал Ходорковского и бывшего руководителя МФО "МЕНАТЕП" Платона Лебедева виновными в уклонении от уплаты налогов и мошенничестве в крупном размере и приговорил к девяти годам лишения свободы с отбыванием наказания в колонии общего режима. 22 сентября Мосгорсуд подтвердил приговор, снизив при этом срок наказания до 8 лет. С учетом уже прошедших двух лет заключения бывшим предпринимателям предстоит провести в колонии еще 6 лет. 15 октября Ходорковский был доставлен в исправительную колонию, которая находится в 550 километрах от Читы на окраине города Краснокаменск. 13 октября Лебедев прибыл в колонию №3 в поселке Харп Ямало-Ненецкого автономного округа.
